La actividad central del Instituto, vinculada a la investigación, está organizada en Programas, Grupos y Equipos.
- Programa de Estudios Regionales y Territoriales (PERT)
- Programa de Transporte y Territorio (PTT)
- Programa de Desarrollo Territorial y Estudios Metropolitanos (PDTEM)
- Programa de Investigación y Desarrollo en Enseñanza de la Geografía (INDEGEO)
- Programa de Investigaciones en Recursos Naturales y Ambiente (PIRNA)
- Proyectos de Investigación y Desarrollo en Áreas Estratégicas con Impacto Social (PIDAE)
- Grupo de Historia y Epistemología de las Cartografías e Imágenes Técnicas (GHECIT)
- Grupo de estudios sobre Cultura, Naturaleza y Territorio
- Grupo de estudios sobre Fronteras y Regiones (GEFRE)
- Grupo de estudios sobre Geografía Urbana (GEGU)
- Grupo de estudios sobre Tecnologías de la Información Geoespacial (GETIG)
- Grupo de estudios Geografías Emergentes: políticas, conflicto y alternativas socio-espaciales (GEm)
- Equipo de investigación sobre Lugares y Políticas de la Memoria
- Equipo de investigación sobre Turismo y Territorio
- Equipo de Investigación sobre Geografía Electoral